O Departamento de Bem-Estar Animal, também conhecido como DEBEA, foi criado em 2011. Dentre as políticas públicas para o bem-estar animal e o controle populacional de animais, o DEBEA realiza castração e microchipagem de cães e gatos, CED nas colônias de felinos, vistorias de maus-tratos a animais, recolhimento seletivo de cães e gatos, projetos educativos de guarda responsável, conscientização de agentes públicos, promoção de adoção responsável, acompanhamento de casos de acumulação compulsiva, atendimento veterinário a animais comunitários, de munícipes de baixa renda, de ONGs e protetores cadastrados, de animais errantes ou cujos tutores estejam em situação de rua.